จักรพรรดิกลับไปที่ราชอาณาจักรซิซิลีในเดือนเมษายน ค.ศ. 1197 เพื่อเตรียมการทำสงครามครูเสด ในช่วงปลายฤดูร้อนของปี ค.ศ. 1197 พระองค์เดินทางถึงนครเมสซีนาเพื่อร่วมทำสงครามครูเสดด้วยพระองค์เอง แต่แผนการชะงักกลางคันเมื่อจักรพรรดิติดเชื้อมาลาเรียจนสวรรคตในวันที่ 28 กันยายน ด้วยวัยเพียง 32 พรรษา ร่างของพระองค์ถูกฝังในอาสนวิหารปาแลร์โม ทรงเป็นจักรพรรดิผู้ยิ่งใหญ่แต่น่าเสียดายที่พระชนมายุสั้น